Diego Medina Ruiz./ En Teruel y Albarracín se debatía la pertenencia de ambas a Aragón debido a que poseían unos fueros particulares (similares a los de Sepúlveda) por lo que no se podía recurrir al Justicia. En Ribagorza, Felipe II deseaba poseer el condado debido a su situación estratégica así que alegaba que según las condiciones que rezaban en el documento de concesión debía retornar al patrimonio real. Además había rencillas entre los Chinchón (cercano al rey) y los Villahermosa (conde de Ribagorza). En el asunto del Virrey extranjero, la monarquía intentaba poder elegir libremente al virrey (representante máximo del soberano en el territorio).
En los tres estuvo implicada la Corte del Justicia y en ninguno, ni tampoco la Diputación, tuvieron la capacidad de solucionarlos y de hacer desistir a Felipe II en su empeño. La innumerable sucesión de despachos y quejas a la Corte Real ralentizaron el proceso y eso sólo benefició al rey al tiempo que el uso que le dio a la Inquisición comprometió aun más la capacidad de las instituciones para hacer valer el cumplimiento de la legalidad.
Mientras, la corona incurría en desafueros y ofensas al Reino de Aragón enviando tropas a las Comunidades, apoyando a los bandoleros en Ribagorza y sobornando a oficiales del Reino de Aragón. Todo, en un clima malestar por la crisis económica y revueltas antiseñoriales. De modo, que la causa de Antonio Pérez fue la gota que colmó el vaso.
Antonio Pérez era un secretario de Felipe II. Se ha escrito mucho sobre él tachándolo de taimado y ladino pero el caso es que en la Corte, con voluntad o sin ella, se hizo enemigos poderosos y le costó la cárcel acusado del asesinato del secretario de D. Juan de Austria.
En Aragón existía la presunción de inocencia y estaban prohibidos la tortura, la confiscación y el secreto. Pérez lo sabía y en cuanto tuvo la oportunidad de huir no se lo pensó dos veces. En Calatayud se acogió al privilegio de Manifestación y fue llevado a la cárcel de los Manifestados, en Zaragoza, así que los alguaciles del rey no pudieron prenderle. Su llegada coincidió con el destierro y ejecución de dos montañeses por su implicación en el ataque a los moriscos de Codo y Pina. Desde la Corte se les instó a renunciar a la Manifestación a cambio del perdón pero en cuanto lo hicieron fueron castigados. Tan sólo fue la chispa.
En la Corte recelaban de que a causa de los Fueros, Antonio Pérez fuese absuelto pues se temía que poseyese información de Estado susceptible de ser vendida y continuaron con el proceso criminal pero acabó por ser suspendido porque topó ya con una gran cantidad de amigos del ex secretario y otros partidarios defensores de los Fueros que se habían unido a la causa y actuaron en contra.
Felipe II volvió a recurrir a la Inquisición, contra la que la foralidad no tenía nada que hacer. Se inventó una acusación de blasfemia y conspiración con protestantes y se ordenó encarcelar a Antonio Pérez en sus propias cárceles. Ante este hecho, los foralistas se quejaron ante el Justicia y la Diputación pero no pudieron hacer nada porque las acusaciones eran tocantes a la Fe. Como respuesta, a finales de Mayo se produjeron motines. Un grupo acudió a casa del virrey, el Marqués de Almenara como instigador.
Lo prendieron, hiriéndolo de gravedad, y lo encarcelaron. Otro grupo fue a la Aljaferia (sede inquisitorial) amenazándo con quemar el palacio. Para no empeorar la situación, las autoridades volvieron a trasladar a los reos a la cárcel de los manifestados. Sin embargo, en vez de apaciguarse, se agravó considerablemente. El 1 de Junio se debía realizar la toma de posesión de los nuevos diputados. Los partidarios de la corona acabaron por renunciar al cargo presionados por los foralistas.
El 7 de ese mes moría en la cárcel el Marqués de Almenara a causa de las heridas sufridas en el motín y por la ciudad circulaban pasquines en los que hacían análoga la defensa de Antonio Pérez con la de los Fueros y el Reino de Aragón. La respuesta de Felipe II fue volver a ordenar el traslado del acusado a la cárcel inquisitorial y un nuevo motín estaba a punto de producirse.